Pētnieki atklāj "spoku ciltslietu" pēdas mūsdienu cilvēku DNS
Analizējot aptuveni 500 mūsdienu cilvēku genomus, pētnieki atklājuši nezināmas hominīnu grupas DNS, kas sajaucās ar mūsu priekštečiem pirms izceļošanas no Āfrikas. Šī "spoku līnija" sastopama visās mūsdienu populācijās un papildina zināmo neandertāliešu un denisoviešu mantojumu.
Ir zināms, ka mūsdienu cilvēki krustojušies ar neandertāliešiem un denisoviešiem, taču jau iepriekš bijuši mājieni par vēl kādu senu izcelsmi. Trūka atsauces genoma, lai to apstiprinātu. Pētnieku grupa, galvenokārt no Bērklija, izstrādāja jaunu datorprogrammu TRACE.
Metode balstās uz "senču rekombinācijas grafikiem", kas rekonstruē katras genoma pozīcijas vēsturi. TRACE meklē sekvences, kas izskatās senas pēc izcelsmes, bet jaunas pēc rekombinācijas biežuma. Pārbaudot uz zināmiem neandertāliešu un denisoviešu paraugiem, viltus atklāšanas līmenis bija zem 0,25%, bet precizitāte virs 90%.
Pēc tam programmu piemēroja aptuveni 500 mūsdienu cilvēku genomiem. Papildus gaidītajiem neandertāliešu un denisoviešu segmentiem tika atrasta arī spoku līnija, kas veido 0,5–1,1% mūsdienu genoma. Kopumā šie segmenti aptver aptuveni 1,5 miljardus bāzu pāru — pusi no cilvēka genoma. Tie ir visās populācijās, tātad krustošanās notika pirms izceļošanas no Āfrikas.
Āfrikas populācijās ir daudzveidīgāki un atšķirīgāki spoku segmenti, jo izceļošanas laikā daļa ģenētiskās daudzveidības zudusi. Pētnieki atrada aptuveni 100 genomu reģionu, kuros neāfrikas cilvēkiem pilnībā trūkst šīs DNS. Salīdzinot sekvences, viņi lēš, ka spoku līnija atdalījusies no mūsdienu cilvēku līnijas pirms vairāk nekā 800 000 gadu — aptuveni tajā pašā laikā, kad atdalījās neandertāliešu un denisoviešu priekšteči.
Spoku segmenti vidēji ir īsāki nekā neandertāliešu vai denisoviešu segmenti, kas liecina, ka tie genomā nonākuši agrāk. Tie sastopami arī reģionos, ko sauc par "tuksnešiem", kuros nav neandertāliešu un denisoviešu DNS. Tas norāda, ka šo līniju DNS trūkums tur nav saistīts ar vispārēju svešas DNS nepanesību, bet gan ar kaut ko specifisku.
Pētījumā aplūkota arī "superarchaiskā" līnija, ar kuru sen krustojušies denisovieši. Tā atdalījusies no mūsdienu cilvēku līnijas apmēram pirms 1,8 miljoniem gadu, iespējams, no Homo erectus vai cita agrīnā cilvēka priekšteča. Šī DNS atklāta Okeānijas genomos — apmēram 0,3% no denisoviešu izcelsmes DNS.
Archaiskā DNS retāk sastopama gēnu tuvumā, bet blakus esošie gēni bieži saistīti ar vielmaiņu un imūnreakciju, taču nav skaidrs, vai šie varianti ir adaptīvi. Pētnieki nevar pateikt, kā izskatījusies spoku līnija, taču senā DNS vai arheoloģija nākotnē var sniegt plašāku atbildi.
