Исследователи нашли следы "линии-призрака" в ДНК современных людей
Анализ примерно 500 геномов современных людей выявил ДНК неизвестной гомининной группы, которая скрещивалась с нашими предками до исхода из Африки. Эта "линия-призрак" присутствует во всех современных популяциях и дополняет известное наследие неандертальцев и денисовцев.
Известно, что современные люди скрещивались с неандертальцами и денисовцами, однако ранее появлялись намёки на ещё одну древнюю примесь. Подтвердить их было трудно из-за отсутствия референсного генома. Группа исследователей, в основном из Беркли, разработала программу TRACE.
Метод основан на "графах рекомбинации предков", которые реконструируют историю каждой позиции генома. TRACE ищет последовательности, которые выглядят древними по происхождению, но молодыми по частоте рекомбинации. При проверке на известных неандертальских и денисовских образцах частота ложных открытий составила менее 0,25%, а точность превысила 90%.
Применение к примерно 500 геномам современных людей выявило ожидаемые неандертальские и денисовские сегменты, а также ДНК линии-призрака, составляющую 0,5–1,1% генома. В совокупности эти сегменты охватывают около 1,5 миллиарда оснований — половину генома человека. Они есть во всех популяциях, значит, скрещивание произошло до исхода из Африки.
В африканских популяциях сегменты линии-призрака более разнообразны и отличаются, что отражает потерю разнообразия при расселении. Исследователи обнаружили около 100 областей генома, где у неафриканцев эта ДНК полностью отсутствует. Сравнение последовательностей показало, что линия-призрак разошлась с предками современных людей более 800 000 лет назад — примерно в то же время, когда разделились предки неандертальцев и денисовцев.
Сегменты линии-призрака в среднем короче неандертальских и денисовских, что указывает на более раннее попадание в геном. Они встречаются и в "пустынях" — областях, где нет ДНК неандертальцев и денисовцев. Это говорит о том, что отсутствие этих линий там вызвано чем-то специфичным, а не общей непереносимостью чужой ДНК.
В работе также рассмотрена "суперархаическая" линия, с которой скрещивались денисовцы. Она отделилась от современных людей около 1,8 миллиона лет назад, возможно, от Homo erectus или другого раннего предка. Эта ДНК обнаружена в геномах жителей Океании, составляя около 0,3% денисовской ДНК.
Древняя ДНК реже встречается рядом с генами, а соседние гены часто связаны с метаболизмом и иммунитетом, однако их адаптивная ценность неясна. Учёные не могут сказать, как выглядела линия-призрак, но древняя ДНК или археологические находки могут дать ответ в будущем.
